Det, der startede som endnu en fredelig dag på Nevermore Academy, forvandles hurtigt til et mørkt mysterium, da Wednesday Addams oplever syner om et fremtidigt mord. Det viser sig, at du og flere andre udstødte fra skolen er mistænkte! Du bliver indkaldt til det hemmelige bibliotek i Wolfberry Forest for at løse sagen.

Saml spor i og omkring Nevermore Academy for at afdække gerningsmanden og finde ud af, hvornår og hvor han vil slå til. Men hvad nu hvis du er den fremtidige morder?! Konkurrer mod andre Nevermore-elever, og vær den første til at løse dette mysterium!

I Wednesday: Nevermore Academy Secrets påtager du dig rollen som en af de udstødte, der studerer på det titulære Academy. Din opgave er at hjælpe Wednesday Addams med at løse mysteriet om et fremtidigt mord. Den første spiller, der korrekt identificerer gerningsmanden, dennes medskyldige og præcist beskriver omstændighederne ved hændelsen, vinder spillet. Men hvis du er gerningsmanden, skal du sørge for, at lokationskortene i Wolfberry-biblioteket løber tør, før du bliver fanget!