For Shion, en elitestuderende i den teknologisk sofistikerede by No. 6, er livet omhyggeligt koreograferet. Skole, studier og lejlighedsvise besøg hos hans ven og klassekammerat Safu er dagens orden. En skæbnesvanger dag tager han dog et fejltrin og giver ly til en såret dreng fra en tyfon. Kendt kun som Rat, er denne dreng en VC - en flygtning, der bor uden for byens computeriserede kontrol - og at hjælpe ham vil kaste Shions liv ud i kaos og starte ham ned ad en sti for at opdage de rystende hemmeligheder bag den overfladiske perfektion i No. 6.