I Neptunia: Sisters VS Sisters, påtager du dig rollen som gudinde-kandidaterne, ledet af Nepgear, som vågner efter to års søvn for at opdage et Gamindustri, der er rystet af truslen fra Trendi-fænomenet. Under deres søvn har indbyggerne i Gamindustri nu brugt rPhone til at kommunikere, da de ikke kan forlade deres hjem på grund af monstre. Samarbejd med dine allierede for at redde Gamindustri! Kombiner angreb og udfør realtidsangreb i et unikt taktisk kampsystem. Tilpas dine karakterer med sjove tilbehør og lås op for fotomode efter at have gennemført spillet. Oplev to nye karakterer skabt af Ryukishi07 og ZUN. Tilslut dig det sociale netværk Chirper for at acceptere opgaver og få belønninger. Danner du duoer af karakterer for at booste deres statistikker og elementære bonusser. Jo stærkere båndet er, jo større er bonusen. Oplev et spændende eventyr i en truet verden!