I år 2114 vågner du op fra en kryogen søvn ombord på Von Braun, ude af stand til at huske, hvem du er, eller hvad du laver der... og tingene ser ud til at være gået meget galt. Hybridmutanter og dødelige robotter strejfer rundt i gangene, mens skrigene fra besætningen genlyder gennem skibets iskolde skrog. SHODAN, en ukontrolleret AI, ønsker kun én ting: ødelæggelsen af den menneskelige race. Den har taget kontrol over skibet, og kun du kan stoppe den. Dyk ned i gangene i en forladt Von Braun og oplev en atmosfære og miljøer rige på fortællinger. Udforsk Von Braun fra ende til anden for at opdage dens forfærdelige skæbne samt skæbnen for dens besætning.