Kultspils tilbagevenden! Lærlingetræner i Sinnoh-regionen, du skal vælge din første allierede blandt Tortipouss, Marmoset og Piplup, bygge det bedste Pokémon-hold og prøve at sejre over den formidable liga. Din vej til at blive den bedste træner vil tage dig til at opdage byer inspireret af byerne på øen Hokkaido i Japan, vil få dig til at møde Team Galaxy og dens megalomane leder og selvfølgelig dykke ned i mytologien omkring den legendariske Pokémon Dialga og Palkia , mestre i tid og rum.