Kultspillene vender tilbage! Som lærling-træner i Sinnoh-regionen skal du vælge din første allierede blandt Turtwig, Chimchar og Piplup, opbygge det bedste Pokémon-hold og forsøge at sejre over den formidable Liga. Din vej til at blive den bedste træner vil føre dig til byer inspireret af dem på øen Hokkaido i Japan, hvor du vil stå over for Team Galactic og dets megalomaniske leder, og selvfølgelig vil du dykke ned i mytologien omkring de legendariske Pokémon Dialga og Palkia, mestre af tid og rum.