I 2060 er Jorden blevet ubeboelig. Opdagelsen af en 9. planet, Persephone, i udkanten af solsystemet er den eneste chance for at redde menneskeheden. Den Europæiske Rumagentur har besluttet at sende den videnskabelige mission Hope 01 med to af sine erfarne astronauter, Ariane og Thomas. Deres mission: at studere planeten for at afgøre, om menneskeheden kan bosætte sig der og trives. Deres eventyr begynder kaotisk, da de efter en katastrofal landing af deres rumskib bliver adskilt. Fra da af er deres mål at finde hinanden. Aphelion er et action-adventure cinematiske spil i tredjeperson, der finder sted på planeten Persephone, en frossen og endnu uopdaget verden. Isoleret og i nød må Ariane og Thomas overleve det ukendte, finde hinanden og fuldføre deres mission. I deres sted, kryds fantastiske fremmede landskaber, undgå de trusler, der lurer, og opdag de mørke hemmeligheder, der er gemt under isen.