Gravejournalist Jonathan Svanes yngste sønn døde i en påsatt brann, gjerningsmennene er som sunket i jorden. Jonathan er nummen av savn og skyldfølelse, men sier ja til en reportasjereise til Marbella for å finne ut hva som skjedde med den norske investoren Ove Lekmann. Han forsvant sporløst fra Solkysten, for så å dukke opp igjen et halvt år senere, nedbrutt og med et påstått hukommelsestap. Det er mye underlig ved Lekmanns historie, og ganske snart viser det seg at forsvinningen muligens henger sammen med den lange rekken av hendelser som endte i flammene som slukte Jonathans sønn.

Nikolaj Frobenius har gjennom sitt forfatterskap vist en særegen interesse for det som skjuler seg bak den vellykkede fasaden, og i Utryddelsen fortsetter han å bore dypere, i det som er blitt en medrivende og følsom psykologisk thriller.