'The Master' foregår i en periode med opgangstid og posttraumatisk stress. USA efter Anden Verdenskrig var forvirret og særdeles modtagelig for hvem som helst, der kunne fortælle i hvilken retning, man skulle gå, for at give livet mening. Freddie gakker som soldat i flåden ud på Stillehavets bounty-strande, og da han kommer hjem, er hans liv et kaos af portrætfotografi, sex og giftig, hjemmelavet sprut - fremstillet af bl.a. malingsfortynder og fremkaldervæske. Freddie er aldeles retningsløs, indtil han møder sin eksakte modpol, Lancaster Dodd. Dodd er manden bag den nyreligiøse bevægelse The Cause, der insisterer på, at vi alle bærer på traumer fra tidligere liv, men kan reddes, hvis blot vi tror - på ham. Freddie er dog, selv for mestermanipulatoren Dodd, ukontrollerbar. Selvom Lancaster Dodd i Philip Seymour Hoffmanns imposante skikkelse ligner L. Ron Hubbard, og selvom The Cause - ligesom Scientology - grundlægges i starten af 50erne, siger Paul Thomas Anderson selv, at 'The Master' ikke er et portræt af sekten, som dog har været en inspirationskilde.