Der er gået to år siden Stuart flyttede ind hos familien Little, men selvom Stuart stortrives, længes han alligevel efter at få sin helt egen ven. Så da en skadet fugl, ved navn Margalo, pludselig lander i Stuarts bil og fortæller at hun trues af den onde Falcon, lader Stuart hende flytte ind hos familien Little. Men da Margalo forsvinder sporløst under mystiske omstændigheder, begiver Stuart og katten Snowbell sig ud på en halsbrækkende og farefyldt rejse, for at finde hende og løse mysteriet.