I 'Star Trek Into Darkness', fortsættelsen til J. J. Abrams' 'Star Trek', er Kaptajn Kirk og Spock tilbage. Da besætningen på Enterprise vender hjem fra det ydre rum, finder de en ustoppelig, altødelæggende kraft midt inde i Starfleet, der har ødelagt flåden, og alt hvad den står for. Da Kirk, Spock og Co. vender hjem er verden er i krise. Kirk bliver sat i spidsen for en menneskejagt, der bringer vores helte til en krigshærget verden, hvor de skal pågribe en mand, som dybest set er et masseødelæggelsesvåben, og Enterprise-holdet kastes ind i et episk skakspil på liv og død, hvor kærligheden bliver sat på prøve, og venskaber rives i stykker. Den eneste familie Kaptajn Kirk har tilbage - hans besætning - sættes på en hård og dyster prøve.