I den fjerne fremtid opdager menneskeheden et hormon i den menneskelige hjerne, der låser op for mentale kræfter, der ændrer verden, som vi kender den. Når menneskeheden udforsker disse nyfundne evner, falder forvrængede mutanter (""Andre"") fra himlen med en appetit på menneskelige hjerner. Mutanterne bliver ikke skadet af almindelige angreb og våben, ekstreme foranstaltninger er nødvendige for at stoppe truslen og redde menneskeheden. Mennesker med psykokinetiske evner, såkaldte Psionics, er vores eneste chance for at bekæmpe truslen ovenfra. Menneskehedens sidste forsvarslinje, OSF (Other Supression Force), har siden søgt og rekrutteret Psionics for at afslutte truslen en gang for alle.

I SCARLET NEXUS er der to historier. Du kan starte eventyret enten som Yuito Sumeragi, en energisk rekrutter fra en fin politisk familie, eller Kasane Randall, en mystisk spejder, hvis dygtighed har gjort ham berømt inden for OSF. Spil gennem begge historier, og oplev, hvordan de er vævet sammen i denne Brain Punk-fremtid, hvor teknologien bliver mødt af psykokinetiske evner.