Jorden har träffats av en gigantisk meteor och invaderas av några utomjordingar som kallas Apostlar. Människorna vet inte vad de ska ta sig till och gömmer sig i underjordiska städer. Bara Evangelions, stora biomekaniska humanoider styrda av unga piloter, kan rädda dem.
Skaparen av ?Neon Genesis Evangelion? gjorde tvärtom mot hur man brukar i Japan. Först kom en animeserie som gjorde succé på teve för att sen ges ut som manga och bli lika populär på det sättet. Yoshiyuki Sadamoto som skapade serien beskrivs ofta som geni på gränsen till att vara galen. Och med tanke på andra som har beskrivits på samma sätt kan det bara betyda en sak; det här måste och ÄR riktigt, riktigt bra science fiction-manga!