Den 13-årige Kiki må, som familietraditionen foreskriver, forlade sine forældre og barndomshjem for at komme i lære som heks. Med på kosteskaftet følger den talende kat, Gigi, der er Kikis trofaste følger. Kiki må dog snart sande, at det er svært at gøre heksekarriere - især når man befinder sig i en fremmed by med hjemve og hverken har penge eller et sted at bo. Kiki har dog et særligt talent for at flyve på sit kosteskaft og åbner en lille budservice for at tjene penge. Pludselig ser det hele meget lysere ud for den lille heks.

KIKI DEN LILLE HEKS er en nyfortolkning af Hayao Miyazakis kendte og elskede animationsfilm af samme navn.