Den 13-årige Kiki, må - som familietraditionen foreskriver - bryde op fra de trygge hjemlige forhold for at komme i lære som heks. Med på kosteskaftet følger en talende kat, der bliver vidne til pigens første vanskelige forsøg på at slå igennem i heksebranchen. Når man befinder sig i en fremmed by uden at være ekviperet med særligt bemærkelsesværdige egenskaber, penge eller tag over hovedet, kan det nemlig være en svær sag at gøre karriere. En bager i nabolaget indkvarterer heldigvis Kiki og hjælper hende i gang med en budtjeneste, hvor hendes kosteskaft kommer til at gøre nytte på mere uforudset manér.

'Kiki - den lille heks' er mesteren Hayao Miyazakis opfølger til 'Min nabo Totoro' fra 1988.