Historien i Fate Seeker II fortæller om Zhuge Yu, en oprørsk ung mand, hvis urokkelige beslutsomhed fører ham gennem udfordrende veje til vækst og oprør. Zhuge Yu mistede sine forældre, da han var ung. Drevet af det triste tab af sin familie brænder hans hjerte med en stærk følelse af retfærdighed. Inspireret af sine forældres mod mod korruption lover han at få skurkene til at betale for det, de har gjort. Til ære for sine forfædres gode gerninger er Zhuge Yu fast besluttet på at rense landet for korruption og konfrontere uærlige embedsmænd.