Noget mystisk truer med at afsløre hele troldmandsverdenen. Da Newt Scamander er ved at afslutte sin verdensomspændende tur, hvor han har undersøgt og reddet magiske væsener, kommer muggleren Jacob Kowalski ved en fejl til at slippe nogle af dem fri. En gruppe atypiske heltes mission om at fnde skabningerne sætter dem på kollisionskurs med mørke kræfter.