Gå om bord og slutt dig til de koloniale styrker i Spanien, England, Frankrig og Holland i kampen for det Caribiske Havs overherredømme i det 17. århundrede. I Port Royale 4 vil du være den unge og ambitiøse guvernør i en koloni, ivrig efter at lære at styre og forvandle denne lille bygd til en overfyldt handelsby. Han udvikler byggekæder, der forbinder til forskellige øer og skaber hele handelsruter i hele Det Caribiske Hav for at tjene de (stadigt stigende) behov i de respektive byer. Brug det detaljerede havkort til at undgå stormramte områder, klipper og lavt vand. Gennemfør missioner for dit lands vicekonge, og du vil tjene mere berømmelse, som vil låse bybygninger, skibe og meget mere op. Erobre byerne i rivaliserende lande eller angribe fjendtlige skibe med et mærke, mens du holder nøje øje med pirater og andre korsarer. For første gang i serien vil søkampe være turbaserede, og op til 10 skibe kan deltage på samme tid, og kaptajnernes taktiske manøvrer vil være i stand til at klare selv de sværeste situationer for at gå sejrrigt ud.