På reisen gjennom «dyp tid» beveger forfatteren seg fra universets fødsel til en post-human fremtid, fra den førhistoriske kunsten i norske sjøgrotter til de blå dypene under iskappen på Grønland, fra bronsealdergravkamre til katakombelabyrinten under Paris, og fra de underjordiske soppnettverkene som gjør at trær kan kommunisere med hverandre, til et dyptliggende «gjemmested» der atomavfall vil bli lagret de neste 100 000 år.

Innvevd i denne skyggesøkende reisen er uforglemmelige historier om nedstigninger til «underlandet», foretatt av oppdagelsesreisende, kunstnere, huleforskere, dykkere, sørgende, drømmere og mordere. Fra sitt dyptidsperspektiv stiller Macfarlane et essensielt og ubehagelig spørsmål: Er vi gode forfedre for våre etterkommeres jordklode?

Underverden er en reise i undre, tap, frykt og håp.