Ninja Turtles:New York er i fare, fordi Shredder og hans håndlangere The Foot Clan dominerer byen og udøver streng kontrol over alt, herunder politiet og politikerne.Men fire helte (Leonardo, Michelangelo, Donatello og Raphael) vil dukke op fra kloakkerne og med hjælp fra reporter April og hendes partner Vern Fenwick vil de forsøge at redde byen.Ninja Turtles Out of the Shadows Leonardo, Raphael, Michelangelo og Donatello vender tilbage fra skyggerne for at beskytte gaderne i New York.Endnu engang må ninjaskildpadderne stå over for den onde Shredder (Brian Tee), der efter at have undsluppet døden vender tilbage med en ond plan om at besejre de fire superhelte.For at nå sit mål har skurken kidnappet videnskabsmanden Baxter Stockman (Tyler Perry) fra T.C.R.I., for at få fat i den potion, der gjorde skildpaddernes mutation mulig.Derudover og for at kæmpe i hans rækker rekrutterer Shredder to håndlangere:de muterede skabninger, Bebop og Rocksteady, i form af en næsehorn og en vildsvin, med det formål at ødelægge ninjaskildpadderne.