Eleverne på Basserup Kommuneskole skal testes, men Mugges hjerne viser sig at være så mærkelig, og hans svar får computeren til at eksplodere. Lærerne ved ikke, hvad de med skal stille op med Mugge, men terapi og eksperter skal der i hvert fald til. Mugge nægter at samarbejde og taper sig fast til væggen derhjemme i protest.
Mugges bedste veninde, Sofia, er begyndt på en ny skole, som ændrer hende totalt, og Mugge og Sofias venskab sættes på en alvorlig prøve. Samtidig gør den russiske gangster Onde Boris sin entre, Femlingerne laver en parabolantenne ud af et æsel, og en syv meter høj puddelhund raserer kvarteret.
MUGGE OG HANS MÆRKELIGE HJERNE er anden bog i serien om drengen Mogens, hans familie og alle de andre festlige, men også ret besynderlige personer i hans liv.