Et intercitytog på vej mod Berlin afspores tæt på Vordingborg. Syv mennesker dør, heraf to fra politiet. Da man forsøger at opklare sagen, bliver chefen for Havarikommissionen opsøgt af en mystisk kvinde, der beder ham lade sagen ligge.
Konrad Simonsen kobles på sagen, og togulykken viser sig hurtigt blot at være begyndelsen. Inden længe er Simonsen og hans team viklet ind i en sag, der involverer både russiske olieinteresser, en obskur dansk natradio, en gruppe amatørarkæologer og et internetfællesskab, der i smug planlægger hemmelige aktioner rundt omkring landet. Samtidig har Konrad Simonsen sin helt egen interne undersøgelse kørende.
Mirakelbarnet er niende bog i Hammer-parrets succesrige serie om chefkriminalinspektør Konrad Simonsen.