Fobia er en opslugende rejse med spænding og efterforskning, som begynder på et dekadent hotel, der domineres af en teknologisk avanceret sekt. Sekten prædiker foreningen mellem videnskab og religion og udfører i al hemmelighed eksperimenter med at forbedre mennesker ved hjælp af genetiske modifikationer og parallelle virkeligheder.

Fortid, nutid og fremtid kolliderer i et scenarie fuld af gåder, mysterier og konspirationer. På denne rejse i søgen efter sandheden skal spilleren udforske de forskellige verdener ved hjælp af et kamera og forsvare sig mod monstrøse væsner, der forfølger hotellets korridorer og kæmper for at overleve.