Nedräkningen har börjat! Du har bara tre dagar för att rädda Termina från förstörelse av sin egen måne, som har dragits ur sitt omlopp av en mystisk ond kraft! Link måste använda Song of Time för att återuppleva dagarna om och om igen för att samla de kunskaper och färdigheter han behöver för att lösa Majoras Masks mysterium.
I detta episka äventyr skänks Link med magiska masker för att hjälpa honom i sitt äventyr. Förvandlas till en Deku Scrub, en Goron och en Zora, och använd deras förmågor att flyga genom luften, rulla över landet eller simma genom havet!