Vend endnu en gang tilbage til Gamindustris verden, hvor den frie verdens forbryder, Arfoire, har besejret Gamindustris fire CPU'er. Det er nu op til deres yngre søstre at befri dem fra fangenskab. Nepgear, Planeptuns CPU-kandidat og lillesøster til Neptun, begiver sig ud på sin mission med IF og Compato for at genvinde Gamindustris velstand, stoppe det onde syndikat, som Arfoire skabte, og sætte sin søster fri! På sin rejse gennem verden møder Nepgear nye og gamle venner, møder de andre CPU-kandidater og tager sig af de monstre, der står i vejen for hende i denne klassiske JRPG-fortælling om det gode mod det onde!