Handlingen i Huckleberry Finn fortsetter der romanen Tom Sawyer slutter. Sawyers venn, "Huck" Finn, blir adoptert av en gammel tante for at han skal slippe unna livet på loffen. Hucks alkoholiserte far misliker sønnens mulighet til å oppnå et bedre liv enn ham selv, og Huck savner sine frie dager. En natt kidnapper faren Huck og låser ham inne skogsbrakka si. Huck lurer faren til å tro at han er død, og rømmer nedover Missisippi-elven, sammen med den svarte slaven Jim, som også er på flukt.
Dette blir en oppdagelsesferd gjennom et landskap av nybyggere, småbyfolk, slaver, jegere, landstrykere og plantasjeeiere. Langs breddene ruver de store skogene og den urørte villmarken, og der føler Huck seg hjemme.