Midt i neonlysets skær får den teknologiske udvikling mennesker til at blive opslugt af kommerciel bekvemmelighed. I skyggerne ulmer en krig mellem Yatagarasu og Phantom Society, Devil Summoners, der udnytter "dæmonernes" overjordiske kræfter.

I det hemmelige hav af menneskehedens data har en digital hjerne udviklet sig til at blive bevidst: Aion. Aion observerer menneskeheden på afstand og beregner, at en verdensomspændende katastrofe er nært forestående, og skaber to agenter til at bekæmpe den: Ringo og Figue.

Sammen skal disse Aion-agenter undersøge og forhindre en sommerfugleeffekt, der vil føre til verdens undergang.