For at genopbygge Phantasia rejser Reimu ud for at finde erindringsfragmenterne. Nøglen til genopbygningen er Danmaku Kagura. For at genopbygge Phantasia og afsløre sandheden om dets ødelæggelse er Reimu nødt til at samle Mitama-kort, erindringsfragmenterne. Reimus uendelige rejse begynder.

Marisa begynder sin egen rejse for at finde Reimu. Vil de to nogensinde mødes ansigt til ansigt?

To forskellige rytmespilsoplevelser

Kagura-scenen
- I denne tilstand skal du ramme tonerne i det rigtige øjeblik!
- Du kan stable kombinationer op og få en høj score ved at ramme tonerne i træk og komme igennem de 6 baner.
- Over 160 arrangerede Touhou-musikstykker kan spilles med 4 forskellige sværhedsgrader! Inkluderer musik fra betalte DLC'er

Danmaku-scenen
- En helt ny spiloplevelse, der kombinerer Danmaku shoot 'em up og rytmespil!
- Slå rytmisk på noderne på siderne, og gør stor skade på chefen!
- Gennemfør missioner for hver scene, og slå scenen!