Antropologen Nadia Nazir lever i et underjordisk gangsystem under Paris. Her har hun sammen med en flok andre utilpassede mænd og kvinder etableret kollektivet Sapiens, der med videnskabelige metoder udforsker en samlivsform, hvor sex er det afgørende bindemiddel.
Nadias kæreste Baartman og deres fælles søn Adam er forsvundet, og kort efter begynder hun at modtage beskeder fra en mand, som hævder at være hendes halvbror. Manden er Hans-Peter Frederiksen, der er taget fra Danmark til Schweiz for at besøge sin døende far og få klarhed over, hvem hans halvsøster er. Men faren Hemming har sine egne grunde til at ville se sin søn: Under Den Kolde Krig arbejdede han på et hemmeligt projekt med vidtrækkende konsekvenser for hele menneskeheden, og Hans-Peter skal hjælpe ham med at genetablere kontakten til hans gamle chef, en nu 94-årig eneboer.
I tilbageblik fortælles historien om den seksuelt nysgerrige Nadia, der vokser op i et kollektiv i Paris i 70’erne, og som i 80’erne bor besat og studerer antropologi. Det er hendes feltarbejde i sexklubber og blandt menneskeaber, der har givet hende ideen til Sapiens. Samtidig med at Nadia leder efter Baartman og Adam, tager hendes forhold til de pensionerede forældre en uventet drejning.
"Himlen under jorden" følger på skift to halvsøskende, der aldrig har mødt hinanden, og som hver især afdækker en fortid de intet kendte til. Gennem bogen drages de langsomt mod hinanden, mens fortællingen trækker tråde ud til forhistoriske hulemalerier i 3D og til menneskehedens uvisse fremtid. ”Himlen under jorden” handler om oprindelse, identitet og forsøget på at etablere fællesskaber. Romanen er en selvstændig fortsættelse af ”Min ukendte bror” fra 2015.